Παρά τη εντατική έρευνα, η παθολοφυσιολογία του συνδρόμου και η παθογένεια των συμπτωμάτων εξακολουθούν να είναι, εν πολλοίς, αδιευκρίνιστες, χωρίς να έχουν αναγνωριστεί ανατομικοί, λειτουργικοί ή βιοχημικοί δείκτες της νόσου. Φαίνεται πως είναι πολυπαραγοντική οντότητα. Οι τρεις άξονες παθοφυσιολογίας φαίνεται να αφορούν την γαστρεντερική κινητικότητα, την σπλαχνική υπερευαισθησία και την ψυχοπαθολογία. Μελετώνται ακόμα ο ρόλος υπάρχουσας φλεγμονής στο έντερο, της εντερικής χλωρίδας και των διαιτητικών παραγόντων. Η διαταραχή της γαστρεντερικής κινητικότητας αφορά διακυμάνσεις στην κινητικότητα του λεπτού και του παχέος εντέρου. Τόσο η υπερκινητικότητα, όσο και υποκινητικότητα του λεπτού και παχέος εντέρου θεωρούνται υπεύθυνες. Σε σύγχρονες μελέτες γίνεται προσπάθεια διαπίστωσης γενικευμένης «υπεραντιδραστικότητας» των σπλάχνων στα ερεθίσματα. Ο οισοφάγος φαίνεται να συμμετέχει, όπως και η χοληδόχος και η ουροδόχος κύστη. Τα δεδομένα υποδηλώνουν ότι στους ασθενείς με ΣΕΕ πιθανώς να υποκρύπτεται μια γενικευμένη διαταραχή της κινητικότητας των λείων μυικών ινών ή κάποια γενικευμένη δυσλειτουργία του αυτόνομου νευρικού συστήματος. Η διαταραχή της σπλαχνικής αισθητικότητας φαίνεται οτι αποτελεί ένα κοινό, πολύ συχνό και, ως εκ τούτου, βασικό παθογενετικό μηχανισμό. Τα 2/3 ασθενών με ΣΕΕ έχουν αυξημένη αντίληψη-αίσθηση ή σπλαχνική υπερευαισθησία. Η σπλαχνική υπερευαισθσηία είναι ο υπεύθυνος μηχανισμός τόσο για τις μεταβολές της κινητικότητας, όσο και για τον κοιλιακό πόνο. Ενας άλλος μηχανισμός που εμπλέκεται στη παθοφυσιολογία είναι οι ψυχοκοινωνικοί παράγοντες και το στρες. Μέχρι και 80% των ασθενών με ΣΕΕ εμφανίζουν ψυχοπαθολογικές διαταραχές, χωρίς όμως να υπάρχει ένα τυπικό ψυχοπαθολογικό μοντέλο για όλους τους ασθενείς. Εμφανίζουν συχνότερα μείζονα κατάθλιψη, διαταραχές σωματοποίησης, αγχώδη νεύρωση, διαταραχές πανικού, φοβίες. Επίσης επιθετικότητα, υποχονδρίαση και αυξημένη διαπροσωπική ευαισθησία. Από τους πάσχοντες από ΣΕΕ το 7-30% περιγράφει μια οξεία εισβολή των συμπτωμάτων μετά από επεισόδιο οξείας γαστρεντερίτιδας. Άλλες αιτίες περιορισμένης φλεγμονής μπορεί να είναι μια αυξημένη ευπάθεια σε αλλεργιογόνα των τροφών ή ληφθείσες χημικές ουσίες. Φαίνεται ότι τα φυσιολογικά μικρόβια του εντέρου παίζουν κάποιο ρόλο στο ΣΕΕ. Υπάρχουν ενδείξεις οτι η υπερανάπτυξη μικροβίων στο λεπτό έντερο οδηγεί σε μετεωρισμό. Φαίνεται ότι η μικροβιακή χλωρίδα των πασχόντων από ΣΕΕ διαφέρει από αυτή των υγιών. Γίνεται μεγάλη έρευνα για τον προσδιορισμό της αλληλεπίδρασης της εντερικής χλωρίδας με το ανοσολογικό σύστημα. Σε μερικούς ασθενείς η λήψη συγκεκριμένων τροφών μπορεί να προκαλέσει συμπτώματα ΣΕΕ. Αρχικά πρέπει να αποκλειστούν σύνδρομα δυσανεξίας. Η μεγάλη πλειοψηφία των ασθενών με ΣΕΕ δεν έχει δυσανεξία σε συγκεκριμένες τροφές, αλλά τα συμπτώματα προκαλούνται με μη ειδικό μηχανισμό σε άτομα που έχουν την τάση για αυτό. Δυσανεξίες είναι βέβαιο ότι θα αυξηθούν, αν το έντερο γίνει ευαίσθητο όπως στο ΣΕΕ, ενώ μπορεί να εμφανιστούν νέες που δεν ήταν αντιληπτές. Αυτές είναι πιθανότερο να είναι οι συνέπειες παρά οι αιτίες του ΣΕΕ και τείνουν να εξαφανίζονται, όταν το σύνδρομο βελτιώνεται.

Η διάγνωση του ΣΕΕ γίνεται με βάση κριτήρια (ROME III) που αφορούν την ύπαρξη των παρακάτω με συγκεκριμένο τρόπο: ανακούφιση με την κένωση, αλλαγή στις συνήθειες του εντέρου, αλλαγή στη μορφή των κοπράνων, αλλαγή στη συχνότητα των κενώσεων, διαταραχές στην έξοδο των κοπράνων, παρουσία βλέννης, μετεωρισμός και κοιλιακή διάταση. Βέβαια πρέπει να έχει προηγηθεί έλεγχος για τον αποκλεισμό διαφόρων νοσημάτων. Απαιτούνται λήψη ιστορικού, κλινική εξέταση, εργαστηριακός έλεγχος. Αυτός περιλαμβάνει αιματολογικό έλεγχο, βιοχημικό και ορμονολογικό έλεγχο, εξέταση κοπράνων, θυρεοειδικό έλεγχο, ειδικές εξετάσεις για σύνδρομα δυσαπορρόφησης. Επίσης συχνά κρίνεται σκόπιμος ο έλεγχος με ολική κολονοσκόπηση – ειλεοσκόπηση. Ιδιαίτερα σε νέους ανθρώπους που θέλουν να αποφύγουν την κολονοσκόπηση, χρήσιμη είναι και η δοκιμασία καλπροτεκτίνης κοπράνων, η οποία διενεργείται με δείγμα κοπράνων και έχει αποτέλεσμα εντός ολίγων λεπτών.

Οριστική θεραπεία δεν υπάρχει. Η νόσος είναι πολυπαραγοντική και δεν έχουν διευκρινιστεί ακόμα οι παθογενετικοί μηχανισμοί και ως εκ τούτου δεν είναι δυνατή η ανεύρεση θεραπείας ίασης. Η αντιμετώπιση εστιάζεται στον περιορισμό της συμτωματολογίας και χρησιμοποιούνται ψυχολογική υποστηριξη, διαιτητικά μέτρα και φαρμακευτική αγωγή. Συνιστώνται η λήψη ικανής ποσότητας νερού (2-3lt ημερησίως), αποφυγή της καφεΐνης, προς περιορισμό της υπερέντασης και της επίτασης των συμπτωμάτων. Επίσης καλό είναι να αποφεύγονται τα όσπρια, γιατί προκαλούν «φούσκωμα». Πρέπει να περιορίζονται ή να αποφεύγονται η λακτόζη, φρουκτόζη ή άλλοι σακχαρίτες σε ασθενείς με διαπιστωμένη ευαισθησία. Υπάρχουν σκευάσματα στα φαρμακεία που δεν είναι φάρμακα και βοηθούν. Σημαντική θέση κατέχουν τα σκευάσματα φυτικών ινών, τα οποία προτείνονται τόσο σε περιπτώσεις δυσκοιλιότητας, όσο και σε διάρροιας. Επίσης υπάρχουν σκευάσματα προβιοτικών και πρεβιοτικών. Προτείνονται διάφορες ψυχολογικές μέθοδοι, υπνοθεραπεία, θεραπείες χαλάρωσης. ενώ είναι σημαντικό οι ψυχιατρικές νόσοι να αντιμετωπίζονται από εξειδικευμένους ιατρούς και ψυχολόγους. Υπάρχουν διάφορα φάρμακα που βοηθούν στην ανακούφιση των συμπωμάτων του ΣΕΕ. Συχνότατα είναι τα σπασμολυτικά, αλλά χρησιμοποιούνται και άλλα, όπως αντιχολινεργικά, αντιδιαρροϊκά, τρικυκλικά αντικαταθλιπτικά, προκινητικά, καθαρτικά αυξάνοντα τον όγκο των κοπράνων, ανταγωνιστές των υποδοχέων της σεροτονίνης, αγωνιστές υποδοχέων, ριφαξιμίνη.